Михаил Овсянников проходил по второму делу Алексея Пичугина в качестве одного из обвиняемых. По версии Генпрокуратуры, Михаил Овсянников доставил Владимира Шапиро, Геннадия Цигельника и Евгения Решетникова к дому директора московской торговой фирмы «Феникс» Валентины Корнеевой. Там Шапиро застрелил Валентину Корнееву у дверей ее квартиры.
В ходе предварительного следствия Михаил Овсянников признал свою вину, а также то, что убийство Корнеевой было совершено в интересах руководства компании «ЮКОС». Однако на заседании Мосгорсуда 17 июля 2006 года подсудимый отказался от этих показаний. Он, в частности, сообщил: «Все показания против Ходорковского, Невзлина и Пичугина были даны мною под давлением следствия». По словам Овсянникова, старший следователь Генпрокуратуры по особо важным делам Смирнов, а также следователь Банников оказывали на него психологическое и физическое давление. Представители следствия, по словам обвиняемого, заявили ему, что «это дело государево, и не попасть в оборот можно, только полностью сотрудничая с ними». Овсянников также сказал: «Меня запугивали, мне угрожали, обещали накрутить не менее 18 лет» за организацию убийств". Следователь Банников, по утверждению Овсянникова, предупредил его, что «у прокуратуры все схвачено» и что «она все равно победит в суде».
Также Михаилу Овсянникову, по его словам, ставилось оказание медицинской помощи в зависимость от дачи нужных следствию показаний (Овсянников страдает повышенным артериальным давлением и гидронефрозом почки, при этом вторая почка удалена). Кроме того, во время длительных допросов его отказывались отвести по его просьбе в туалет.
Кроме того, Михаил Овсянников сообщил суду, что никогда не был знаком с Алексеем Пичугиным и видел его лишь однажды – когда отвозил Сергея Горина к Пичугину на свадьбу, куда тот был приглашен. Овсянников также сказал на суде, что в записях его показаний имеются несоответствия с тем, что он говорил в ходе допросов. Тот факт, что он подписал такие протоколы, Овсянников объяснил опасениями за свое здоровье из-за опасности со стороны прокуратуры.
После 1998 года Овсянников, по его утверждению, уже не работал у Горина и практически прекратил контакты с ним. Судья Мосгорсуда Владимир Усов показания, данные Михаилом Овсянниковым на слушаниях, убедительными не счел, признал его виновным и приговорил к 10-летнему лишению свободы (прокурор Камиль Кашаев требовал 20-летнего срока).
21 февраля 2007 года Верховный суд России оставил этот приговор в силе.
На третьем процессе Алексея Пичугина Михаил Овсянников допрашивался в качестве свидетеля обвинения, но показаний против него не дал, повторив сказанное на заседании 17 июля 2006 года.
